Compañero, te recomiendo que para ello hagas un bash (procesamiento por lotes en modo texto) utilizando para la conversion el ffmpeg. En esta direccion
encuentras un manual muy facil de utilizar de esta programa.
http://www.guia-ubuntu.org/index.php?title=Ffmpeg
encuentras un manual muy facil de utilizar de esta programa.
http://www.guia-ubuntu.org/index.php?title=Ffmpeg