Tengo un problema con él, y es que cuando me carga las peliculas el audio esta desincronizado. He probado marcando Re encode the audio......, pero sigue desincronizado. Alguien sabia decirme porque? y la solución gracias.

¿El audio está sincronizado antes de meterlo en el programa? Me extrañaría porque TMPGEnc DA no hace nada con el audio. Compruébalo.
Por cierto, la opción reencode lo que hace es codificar de nuevo el audio, pero no toca nada del desfase.