Leyendo el Manual Copia de seguridad y restauracion del sistema en la seccion "Preparando los discos duros"configuracion #2 dice que en la particion #1 de disco#1 debe ir el sistema operativo y las capturas de video.Cuando habla de Sistema operativo se refiere solo al Windows o tambien a los demas programas como el mismo Pinnacle o de foto edicion y otros programas.En todo caso en que particion y en que disco deben ir estos.
Gracias de antemano por la respuesta y disculpen la molestia pero es que antes de meter mano en esto quiero estar seguro de todo.  

Lo primero, un sistema operativo es un sistema operativo y un programa de edición, pues eso, un programa de edición. Obviamente se refiere al windows en cualquiera de sus modalidades serias (2000 o XP Pro), al menos es lo recomendable, esto te permitirá tener un sistema de archivos NTFS. La potencia del NTFS se aprecia con sólo arrancar el PC, el tiempo de carga de windows es drásticamente inferior.

Recomendación: Usar 2 HDs. El de arranque y sistema: primario maestro; el de captura y archivos: secundario maestro. Las unidades dvd/cd como esclavos.

Si sólo utilizas un disco: en la partición primaria mete el sistema y captura con la partición extendida.

Coincido con franelco, es mejor usar un SO que maneje NTFS, realmente la diferencia se nota.