TMPGEnc no te acepta AC-3 a menos que tengas el plugin instalado. De todas formas, me parece que el Studio acepta el audio LPCM, con lo cuál no tendrías problemas para insertar audio y vídeo por separado, claro que esto te ocuparía la pista de sonido reservada para los fx de audio.
Tienes una ventaja con el audio que tiene ahora tus vídeos: Renombra la extensión de los archivos Video_Ts.VOB por *.MPEG
El Studio te los aceptará sin más.
Pero si tienes problemas, puedes crear un AVI de los VOB's con
DVD2AVI.
Te apunto unos enlaces que te irán de maravilla:
https://videoedicion.org/foro/index.php?topic=6591 (https://videoedicion.org/foro/index.php?topic=6591)
https://videoedicion.org/foro/index.php?topic=6609;start=msg32502#msg32502 (https://videoedicion.org/foro/index.php?topic=6609;start=msg32502#msg32502)
https://videoedicion.org/foro/index.php?topic=6348;start=msg32868#msg32868 (https://videoedicion.org/foro/index.php?topic=6348;start=msg32868#msg32868)
¡ Pero léelos enteritos, todos los mensajes !