Antes que nada por mi parte te doy la Bienvenida al foro

y por supuesto que puedes participar, ya te encontrarás por aqui a mucha gente dispuesta a ayudarte...en cuanto a tu duda a mi tambien me pasó, y mi eror fue que estaba haciendo una elección erronea para exportar. El plug-in te viene con diferentes tipos de WM9, el caso es seleccionar los de video ya que por lo general los que aparecen hasta abajo son sólo para audio. haz la prueba (como yo lo hice) y exporta un minuto de video a cada uno de las opciones y asi notarás cuales sonlas diferencias entre cada una y sabrás cual es la mejor para tí.
Ahora bien, en el recuadro que se abre asegurate que esten seleccionados las siguientes casillas:
General/SourceType/Audio y Video...RenderType/EntireRange.
Video/NTSC o PAL según sea tu caso.
Los demas dejalos tal cual o hazle las modificaciones que creas necesarias segun tus conocimientos.....suerte