Hola cuando exporto el video a este formato me sale el video entrelazado, he probado cambiando el orden de campo, pero me sale igual.

¿Alguien me puede ayudar?

El que cambies lo campos no te hara nada seguira siendo entrelazado.
Bluray trabaja en entrelazado a 1080 solo trabaja en progresivo a 720, por lo tanto aunque realizaces la Autoria para Bluray con un fichero progresivo te lo pasaria a entrelazado.

Pero en el reproductor se verá bien?

Por supuesto, tu no notaras nada de entrelazado, suena raro veradad, pero es así el sistema.

Gracias, lo he probado en el reproductor y se ve genial.