Tras unos días de ausencia, aquí estoy de vuelta para contaros las pruebas realizadas.
El proyecto realizado en Premiere CS4 lo he compilado con todas las variables posibles que me permite la configuración de salida y no he conseguido ver ninguno en el Ipad.
Cansado de calentarme la cabeza con el Premiere, he tomado la solución más práctica y eficaz que le recomiendo a los que tengan este problema:
Cargar el programa "AVPlayerHD" en el Ipad, que lo reproduce casi todo, y se acabaron las incompatibilidades. Además, reproduce con una calidad extraordinaria.
Es curioso que he realizado casi un centenar de pruebas con diferentes codecs, formatos, sistemas, etc, y el Windows Media Player los ha reproducido todos sin rechistar. No entiendo por qué los señores de Apple se empeñan en ser tan "estrechos". Al final con sólo 2,5 € que vale el programa AVPlayerHD en el AppStore se soluciona la estrechez. Por el precio que vale el Ipad3 ya podría traer de serie un reproductor más universal.
Gracias a todos