He visto trabajar a la gente de dos formas distintas y no imagino cualpuede ser la más óptima. En proyectos largos, pongamos por ejemplo un vídeo de boda de una hora. ¿Trabajamos con un solo clip de vídeo (boda de fulano y mengana.avi, por ejemplo) y le vamos asignando los capítulos (casa de él, casa de ella, ceremonia, etc.)? ¿o bien trabajamos con distintos miniclips, uno para cada capítulo (casa de él.avi, caa de ella.avi, etc), que el final de cada uno conduzca al principio del siguiente y demás? en el caso de trabajar con distintos clips, los ponemos todos en una sola Línea de Tiempo o creamos una línea para cada capítulo.

He trabajado de las dos formas, pero no logro decantarme por una en concreto, ¿hay alguna técnicamente mejor, o es sólo cuestión de cómo quiera cada uno trabajar?

Yo trabajo todo el evento en una sola linea y con sus respectivos capitulos, lo demas, video clip, video de fotos, etc  pues ya van en su timeline diferente.

Buena pregunta, yo creo que la mayor diferencia es que tienes menos problemas a la hora de enlazar los videos si lo exportas ya en un solo "bloque"