Wenas, he terminado de instalar el Adobe After Effects cs3 sin ningun tipo de problema durante el proceso. Una vez que abro el programa, al intentar importar un archivo xvid me da el siguiente error:

After Effects error: no se puede importar el archivo ''****.avi'' - los archivos del tipo ''.avi'' no son compatibles.

Cómo resolver este problema?

puede ser que tengas algun pack de codec instalado como k-lite, generalmente estos traen problemas de este tipo en after effects.