Hola,
Me compré el libro de Anaya Multimedia Adobe After Effects CS6 "libro de formación oficial de Adobe Sistems" que viene con un DVD con archivos.
No sé si alguien más lo tiene y si lo ha puesto en práctica.
En el capítulo 5 en vez de importar  los archivos de uno en uno te hace abrir directamente un proyecto en el cual ya está todo el material importado tanto al panel del proyecto como al panel de la linea del tiempo. cuando te dice que posiciones una capa en una coordenada concreta, no queda como el ejemplo y queda más grande, no hay problema lo arrastras desde el panel de composición y lo pones donde coincide con la foto del libro. El tema de la escala igual, queda demasiado grande, y presionando la S te saca la propiedad "Escala" y le das un 80%.
Esto son fallos que o sabes ya un poco de AE o te vuelves loco...
Donde ya me he quedado bloqueado es que si asocias una capa con otra indicándole en la columna "Primario" de la linea del tiempo que siga a la otra capa. Sin embargo, cuando cambio la propiedad de posición de la capa que manda, esta se desplaza pero la que tiene asociada, no. Si alguien sabe de lo que hablo... es que en el libro en la foto se ve que al solo mover una y esconderla fuera de cuadro, la otra se queda ahí delante a pesar de estar asociada... creo que en el libro han olvidado añadir alguna información...
Un abrazo
Chema

Seguro que encontraste ya la solución, pero por si acaso te respondo.
Eso que dices se llama Emparentar. Si emparentas la capa 1 con la capa 2, pinchando el pick wip (esa espiral pequeña que hay en la columna de Primario) de capa 1 y arrastrándolo hasta la capa 2, significa que cuando muevas la capa 2, la 1 se moverá con ella PERO NO A LA INVERSA. El "hijo" (capa 1) siempre seguirá al padre (capa 2), pero el padre no seguirá al hijo.

Lo del libro de anaya, quizás has creado una composición de distinto tamaño y no te coinciden las coordenadas con las que está usando el autor. También es posible que sea un error del libro y el autor esté utilizando bien otro tamaño de videos, o bien otro tamaño de composición. A mi me ocurrió algo similar con otro libro, el autor utilizaba videos de 720p, mientras que los que traía el dvd del libro venían en version 480p.

Saludos