Prueba a ver si el MpegStreamClip te reconoce esos videos, que esa va a ser otra.... que un trascodificador reconozca esos ficheros...

Lo abre y convierte, pero el vídeo no se ve ni dentro del programa, ni una vez convertido.

Lo he conseguido con esto: http://www.officialvideoconverter.com/

Ahora lo tengo en MPEG y el Vegas lo trabaja.

Gracias a todos!