Tengo una duda sobre las propiedades del proyecto.
Realmente no sé muy bien en que influye elegir una u otra si al final podemos elegir el formato de renderizado que queramos. Es decir entiendo que el programa no comprime inicialmente los archivos en función de las propiedades del proyecto para luego volver a comprimirlas al exportar ¿no?.

El programa trabaja enlazando los archivos originales,es decir,los importas ,pero el en realidad no les hace nada,simplemente sabe donde esta los enlaza y te mmuestra una representacion virtual de lo que estas haciendo y de como quedara,virtual porque hasta que no haces el render final de exportacion no existe fuera el programa.La importacia de elegir parametros adecuados para crear el proyecto radica en que esas representacion sean fieles a lo que luego exportaras,ver los efectos con menos trabajo de la maquina,ahorrarte problemas de entrelazado y resolucion y por esto y por  alguna que otra cosa mas que me dejo es conveniente configurar el proyecto de acuerdo a la imagen que vas a importar.

Yo creo que lo que tienes que tener en cuenta es cómo va a ser el formato final ¿DVD, BLURAY, ETC? para setear el proyecto con las características casi de salida.