Buenas!
Necesito que me aconsejéis sobre cómo renderizar los archivos de video de mi Nikon d3100, ya había utilizado este programa más veces pero con una cámara diferente a ésta (Sony CX-115), me la compré hace poco y ando completamente perdido, he probado mil renderizaciones y ninguna me convence, el movimiento sale como a arrastrones transparentes.
El vídeo es para subirlo principalmente a YouTube, por lo que me valdría cualquier formato del Sony Vegas.
Las tomas de la nikon d3100 tienen formato .mov (1920x1080)
Muchas gracias.

Si vas a subirlo a youtube,lo mas recomendable es exportar un  mp4 ya que aunque lo saques con un codec de mayor calidad Youtube lo va a reconvertir al subirlo,y tardara mas si tiene que trascodificar.
Sobre lo de lo arratranones,no se exactamente a que te refiere,si puede subir alguna captura  o muestra te podriamos ayudar mejor,solo se me ocurre preguntarte si te has asegurado de que no es problema de potencia de tu pc,la mayoria de pcs con cierto tiempo suelen tener problemas al reproducir el 1080.
Por ultimo ¿has probado con varios reproductores de media o solo con uno? Los resultados pueden variar si lo ves en MEdia PLayer o VLC por ejemplo

lo primero de todo es que así de primeras renderices a los mismos FPS que grabas (24, 25 or 30fps) para evitar esos saltitos de imagen que dices.
Luego según Youtube lo recomendable es esto:
http://support.google.com/youtube/bin/static.py?hl=es&topic=1728573&guide=1728585&page=guide.cs
http://support.google.com/youtube/bin/static.py?hl=es&topic=1728573&guide=1728585&page=guide.cs