Hola
Tengo dos videos, uno de ellos tiene dos pistas de subtitulos.
Lo que he hecho es añadir dos veces ese video y a cada boton le he asignado una pista de subtitulos, pero sucede que en el menu principal solo me deja cambiar de un boton a otro una vez, cuando lo intento la segunda vez empieza a reproducir el video en el que esta en ese momento.

Es decir  tengo botones A-B-C.
El menu empieza en B, me voy a C y ya no me deja volver ni a B ni A, sino que reproduce C.
Gracias espero haberme explicado

Dos cosas:
Algo raro has hecho al cargar los vídeo y enlazar los botones. Deberás revisar las propiedades de los Botones y los End Actión de los vídeos.

Esa no es la forma de poner pistas de subtítulos.
Carga una solo vez el vídeo y le añades DOS pistas de subtítulos.
Mediante un menú o con el mando a distancia, puedes escoger una u otra en el momento que quieras.
En propiedades del proyecto, o en el menú, puedes seleccionar con cual pista empezar por defecto o sin subtítulos.

Si existen más vídeos en el proyecto y no tienen sibtítulos, debes añadirle las mismas pistas de subtítulos aunque estén vacías.
Saludos.
P.D. Para saber más sobre Arhitect:
Tutoriales Vegas 5 + DVD Architect (JMH)
Subtítulos y Multiaudio con DVDArchitect
DVD Architect 3