Muchas gracias,  por la ayuda.
Saludos.

Hola a todos,
Detallo mi consulta, poseo un video en formato mpeg2  de  720x576, 25 fps,  400 frames  y 19 segundos de duración el cual llamaré REF .
Transmito el video REF por un sistema que le agrega alteraciones visuales y lo grabo al final del sistema de transmisión con las mismas características del video REF, la grabación se realiza para posteriormente analizar las alteraciones visuales, el video grabado se llama ALTER.

El problema se genera cuando grabo el video en el receptor, como la sincronización no es perfecta en mi sistema de grabación, tengo un desfasé y la grabación se inicia  después de unos 5 a 10 frames del original ,  lo anterior repercute que mi video ALTER es más corto que el original.
Al no poder obtener el mismo tiempo en el video ALTER respecto al video REF , he pensado editarlos y cortarlos un par de segundos en el inicio y final , y solo quedarme con las partes centrales de los videos o sea unos 10 segundos  de duración, y así analizarlos visualmente frame a frame .

¿Alguien ha tenido experiencia (con alguna herramienta  software)en hacer una sincronización para  el caso descrito?, he pensado en hacer una sincronización visual ayudándome de los frames, o usando algún punto de referencia visual dentro de las imágenes ALTER y REF que me sirva para sincronizarlos y posteriormente cortar los videos.
Gracias.