Sí, si se puede insertar filtros en el mismo clip que tengas un 3d PIP. Asegúrate de que lo estás arrastrando a a la parte superior y no a la línea de abajo donde se ponen las transiciones y los keyers.
Y para hacer una transición se puede pero si se la aplicas al segundo clip y lo pones en otra pista distinta. Siempre y cuando este otro clip no tenga también el 3d PiP. Si es así, puedes hacer el dissolve marcando los keyers en la opcion de "Transparencia" que trae el mismo 3D PIP o bien con la línea de opacidad "Mix"
Y para hacer una transición se puede pero si se la aplicas al segundo clip y lo pones en otra pista distinta. Siempre y cuando este otro clip no tenga también el 3d PiP. Si es así, puedes hacer el dissolve marcando los keyers en la opcion de "Transparencia" que trae el mismo 3D PIP o bien con la línea de opacidad "Mix"