Hola, tengo el mismo problema con el audio, me ha vuelto loco porque también tenía que hacer una compo basandome en el audio y es un poco coñazo no poder escucharla sin renderizar en la multipista, en mi caso tampoco me ayudaba mucho el ver la onda en la tieline.
Por otro lado cuando yo exporto con canal alfa, para que tenga transparencia lo suelo hacer con mov en animation, y luego en format elegir ( la última opción canal alfa + ) creo que es así, no lo tengo muy claro porque llevo un mes sin after en el nuevo pc, lo que si que aclara la transparencia es el +.
Chao,
Mañana te confirmo como se hace.