Si Jabat o Zeros no me llevan la contraria ese problema viene, como me has indicado, de un conflicto de códecs. Prueba una cosa
Abres el AVI con Virtual Dub y haces un File Server (revisa el manual si necesitas ayuda) Abres ese archivo en TMPGENc y prueba a comprimir así en lugar de comprimir directamente.
Abres el AVI con Virtual Dub y haces un File Server (revisa el manual si necesitas ayuda) Abres ese archivo en TMPGENc y prueba a comprimir así en lugar de comprimir directamente.