Es mejor usar NTFS en todas las particiones porque se administra mejor el espacio, fragmenta menos y tiene opciones de seguridad, encriptación y control de carpetas compartidas infinitamente mejores que FAT32, pero vamos, si no tienes ganas de "calentarte la cabeza" funcionar te va a funcionar en FAT32 igual, salvo por la archiconocida limitación de no poder trabajar con archivos de más de 4 GBytes

