Sigues haciendo cosas raras como exportar a 1280x720 un video que en origen es 640x352, pero no creo que sea esa la causa del problema.
Prueba la solución que aportan los compañeros: recodifica ambos videos con un códec intermediario igualando propiedades, edita y exporta luego al formato definitivo.
Puede ser cualquiera de los mencionados. Si te decides por el códec Canopus HQX, lo puedes conseguir aquí:
http://www.grassvalley.com/products/hqx_codec
De forma legal, ya que Grass Valley lo ofrece gratuitamente, solo hay que registrarse para acceder a la descarga. Funciona con Windows 7 o superior y Macintosh.
Ya nos contarás. Saludos
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