Yo te recomiendo que primero hagas las particiones que quioeras, y luego, instales el sistema operativo. Veras: si te bajas una utilidad de "formateo" que hay en la pagina web del fabriante de tu disco duro, podras onbtener un disco de arranque del ordenador que te permite formatear, particionar, etc, tu disco duro sin necesidad de tener instalado el sistema opertaivo previamente.

Un disco de arranque sirve para poder usar el ordenador si no tienes sistema operativo (en este caso, ese disco de arranque solo vale para formatear y particionar el disco duro)

MAXTOR y SEAGATE son dos fabricantes del discos duros (www.maxtor.com o wwwseagate.com)...lo digo porque, solo funcionan estos discos de arranque si tienes al menos un disco duro de dichas marcas en el ordenador.

Como decia: esta utilidad, (que te bajas de su pagian web y es un archivo ejecutable de 1 mega, que luego tendras que ejecutar para crear el disco de arranque (en un diskete de los de toda la vida). Como decia: en SEAGATE, esta utulidad se llama "DISCWIZARD", y en MAXTOR se llama "MAX3" o algo asi.

Una vez que tengas creado el disco de arranque, solo tienes que reinciar el ordenador con el diskete metido en la disquetera, y se autoejecutará dicho programa: es MUY intuitivo, y sencillo (y ademas, me parece que hasta viene en castellano). (las particiones se hacen tan facilmente como que, aparece un circulo que representa el tamaño de tu disco duro, y tu vas haciendo "porciones" (como si fuesen quesitos) del tamaño de las nuevas particiones. Ademas, te formatea las particiones en FAT32(para windows 98) o en NTFS (windows Xp)

Suerte

Y una vez particionado, instalas el sistema operativo sin problemas.

(parece mas dificil de lo que en realidad es, pero si lo hacesm ya veras que es una tonteria muy sencilla)