1ª cuestion: por que no abres el proyecto desde Premiere?? lo que hago normalmente es abrir el programa y desde él, abrir el proyecto.
2ª cuestion: puedes borrar TODOS los CFA y Peak (archivos conformaos de audio) porque Premiere te los restaurará cuando abras el proyecto de nuevo. Eso sí, te tardará un poquito mas mientras los conforma. Observa en la parte inferior derecha como pone "conformando archivos de audio" y veras, ademas, una barra de progreso.
3ª cuestion: Premiere captura en analógico, siempre y cuando la capturadora tenga drivers para Premiere Pro2.0. De todas formas busca por el foro que creo que hay u hilo sobre la captura analogica en Premiere.
Taluego. Falele.