Cuando vas a la pista de subtitulos, tienes un botón llamado MARGINS-Change. Ahi tienes las distancias en pixeles desde los bordes de la pantalla, normalmente se retoca solo la del margen inferior (Bottom). Además, tienes una magnifica pantalla de preview a la derecha (en fondo blanco, negro y azul, así como en zoom y en tamaño real) que te da una idea de cómo van a quedar los subtitulos, sobre todo para subtitulos multilinea algo largos, así puedes ajustar el tamaño y estilo de la fuente.
En cuanto al tamaño, depende de los gustos, yo suelo usar letras blancas con un 24 negrita, una fuente alargada, en modo "Flat Outline" y (Abadi Condensed Light) para acentuar el resaltado en fondos blancos. El resultado varía ligeramente dependiendo del reproductor, pero más o menos me suelen quedar así:

Aprovecho para avisar de que la versión 2 del DVDLab-Pro desincroniza los subtitulos en modo PAL, alterando seriamente sus duraciones individuales. Si alguien piensa en usarlo para un mastering serio, mejor seguir con la 1.5

Lo que ves en esa pantalla es lo que luego APROXIMADAMENTE vas a ver en la realidad.
La cosa puede ser por dos motivos:
-el valor BOTTOM es demasiado alto (con 20-30 suele bastar)
-tienes el alineado configurado para que cuente pixels desde el centro de la pantalla, no desde abajo. Son las dos opciones que hay a la derecha de la zona de encuadre, unas letras con una linea roja delimitadora.