Hola a todos de nuevo, finalmente he podido solucionarlo. En el premiere cc 2015, aunque no se vean las 2 pistas, lo que hago es reducir manualmente un poco el tamaño de la pista que está "encima" para que se vea la inferior. Luego ya a la hora de exportar termino de ajustar el tamaño de todo el conjunto. Quizá no sea una solución muy profesional, pero me sirve.
Muchas gracias a todos!
Muchas gracias a todos!