Hola, viendo la fecha quizás sea algo tarde.
Yo también he probado infinidad de programas y no me han gustado los resultados.
Así que lo mejor es hacerlo manualmente.
Yo ya tengo mís truquitos y técnicas en la elaboración de fotomosaicos y los hago en poco tiempo (no tan rapido como un programa o una página de estas que te cobran un pastón). y dependiendo de en qué medida colabores (dependerá de tus conociemientos en el tema de retoque de fotos sobre todo), te puede salir gratis.
Te paso el link de una página (mía) en la que explico los pasos a seguir. Si sigues interesado, al menos date un paseo:

http://galeon.com/lehmer/indice.html (borrad la dirección de Geocities que el servidor lo cierran en breve)

Un saludo

Lehmer