Me acabo de comprar la cámara de "Canon Mark 2 6D" y al hacer las fotografías en RAW no puedo abrirlas con la galería de fotos de windows ni con lightroom. Antes tenía la 600D y sin problemas. Hay algún tipo de codec para poder abrirlas en windows?

Windows no tiene un códec que funcione con todos los tipos de RAW.

Para abrirlos en LightRoom tienes que actualizar la aplicación y el plugin de Camera Raw. Mira aquí la versión que necesitas:
https://helpx.adobe.com/es/camera-raw/kb/camera-raw-plug-supported-cameras.html

Saludos.