He hecho lo mismo en otro ordenador mas potente pero sigo teniendo la desincronizacion.
Mientras el tsMux esta creando el fichero, a modo de info dice:

SmartLabs tsMuxeR.  Version 1.10.6  http://www.smlabs.net
Decoding H264 stream (track 1): Profile: High@4.0  Resolution: 1920:1080i  Frame rate: 25
H.264 stream does not contain fps field. Muxing fps=25
B-pyramid level 2 detected. Shift DTS to 3 frames
Decoding AC3 stream (track 2): Bitrate: 448Kbps Sample Rate: 48KHz Channels: 6
Decoding PGS stream (track 3):  Resolution: 1920:1080  Frame rate: 25
Processed 45162 video frames
Creation of AVCHD playlist
Creation of AVCHD stream info and seek index
Mux successful complete.
Muxing time: 7 min 52 sec

En la tercera linea dice "H.264 stream does not contain fps field. Muxing fps=25". A ti te dice lo mismo?

En la pestaña de general, tienes alguna opcion puesta? O tienes checkeada Mux VBR que es lo q esta por defecto?
En la pestaña Input, en general Track Options, tienes algo seleccionado? O dejas siempre todo por defecto?

Los ficheros m2ts opr separado no tienen desincronizacion, es decir, que la camara genera bien los ficheros. Asi q el problema es del tsMux. Eso creo yo por lo menos. Tu que opinas?

Salu2

     A mí también me pasa lo mismo, y aprecio la desincronización ya cuando reproduzco el archivo resultante en el pc.. El sonido va más lento y cuanto más grande es el archivo resultante, más se aprecia la desincronización. ASñi en un archivo de 90 minutos el sonido se llega a retrasar más de dos segundos.
¿Hay alguien que sepa cómo se puede arreglar esto en el tsmuxer?

Probaron modificar el delay del audio? tal vez si lo adelantan un poco (500 milisegundos) se acomode un poco mejor y no termine tan defasado...

Lo de ajustarlo con el delay no lo arregla ya que al principio está bien sincronizado pero luego conforme se van añadiendo ficheros se va desincronizando. Así, en el minuto 5, por ejemplo con un delay de 500 ms, estaría bastante bien sincronizado pero en el minuto 1 el sonido se escucharía un poco antes que la imagen, mientras que en el minuto 20 volvería a verse la imagen antes que el sonido y se necesitaría un delay en ese momento de 2000 ms y en el minuto 40 necesitaría un delay a lo mejor de 5000 ms. Cuanto más ficheros unes mayor es la desincronización. ¿Se os ocurre otra cosa?

yo no tengo ese formato de archivo por lo cual no trengo ese problema, pero puedo opinar, y mi opinion es que podrias probar con algun otro programa a ver si no da esos problemas, he encontrado uno por aqui y ya que no tengo esos archivos podriais probarlo por mi??
este es el programa , dicen que une los mts, y que los convierte o no, pero repito no lo puedo probar
http://free-video-converter.softonic.com/

Ese programa convierte los videos al formato que tú quieras antes de unirlos y ya no me vale puesto que preferiría mantener la calidad y características de los videos originales.