Importo el avi desde el cuadro Fuente video y fuente Audio y luego le doy nombre al archivo de salida

y te fijaste lo que dijo nij... de setear el stream para audio y video...!!? cuando exportas la extension cual es..!!? mpg o m2v..!!?  de todas formas no se si tmpgenc te deja exportar desde un avi directamente...

1- lo que yo haria es DEMULTIPLEXAR primero... osea vas a FILE--- MPEG tools --- se abre una ventana y vas a ver 5 solapas .. vas a la 4ta que es DE-MULTIPLEX, click en browse y buscas el archivo AVI... en la ventana te van a aparecer Video steam y Audio steam tildados.. dejalo asi y has doble click en cada uno de ellos, lo que ahi estas haciendo es "separar" el audio y el video .. elije donde los quieres guardar para luego importar ...
2- Luego en la panatalla principal, abajo, en video y audio source buscas los respectivos archivos en la carpeta que corresponde, osea, en donde le dijiste que guarde cuando demultiplexaste.... te fijas que el circulo de SYSTEM (Video+Audio) este selecionado y listo... en output file le das la ubicacion al mpg final .... !!  en settings tienes la posibilidad de cargar una configuracion para tus necesidades ... recuerda uqe si lo quieres para hacer un DVD tiene que ser mpg2 y si es para un VCD mpg1 esta bien.

Contanos como te fue..

No es obligatorio desmultiplexar el video y el audio previamente, a no ser que se vaya a tratar por separado.
En la salida comprimida, en la confuguración de compresión, se puede seleccionar si el archivo comprimido será de solo audio, de solo vídeo, video y audio separados en dos archivos o video y audio juntos en solo archivo.
Saludos.

gracias a todos por las respuestas.
He quitado el K-lite codec pack y he puesto el FFdshow y el Lame por separado y ya funciona sin problemas

Cita de: "ognimod"
gracias a todos por las respuestas.
He quitado el K-lite codec pack y he puesto el FFdshow y el Lame por separado y ya funciona sin problemas

Enhorabuena... andaba yo ya intrigadillo...