Quiero hacer un vcd que incluya unas 700 fotos con Nero, pero a partir de la 99 me dice algo así como que no se pueden meter más de 99 pistas de audio, ¿audio?.

                        Entonces:
           ¿hay algún modo de meter más de 99 fotos en un vcd(como pistas, no como "peli"?

         ¿Existe algún otro programa que me lo haga de la misma forma que nero? con menú y vista en miniatura de cada una de  las tracks(foto)

El estandar del VCD 2.0 creo recordar que permitía hasta 999 segmentos (o eran 1980? no me acuerdo). Pero vamos que te da para meter 700 fotos.
Prueba con VCDEasy, es muy sencillo y te permite hacer menus para clasificarlas.

También puedes probar con Ulead DVD PictureShow, te permite crear un menú con 30 entradas, cada entrada con 99 fotos, o sea que la cantidad máxima de fotos que acepta este programa es 2970.
Tambien se le puede agregar video y audio.

No lo he probado con tantas fotos, pero así lo manifiesta el programa cuando se selecciona el formato VCD(también tiene opción para SVCD y DVD)

Hola hay un programa que parece que esta muy bien es el Picture To TV que encontraras un manual en https://videoedicion.org/manuales/dvd/PictuteToTV/PictureToTV.htm

Saludos

Está en preguntas frecuentes...

¿como realizar un VCD de fotos con el Studio?

https://videoedicion.org/foro/index.php?topic=2820

y si quieres DVD

https://videoedicion.org/foro/index.php?topic=8716

Saludos