¿Como podría pasar sonido estereo a ac3 con el decodificador que trae el Sonic Scenarist? Gracias de antemano

El formato de audio que incorpores a Scenarist debe ser .mpa (mpeg pero separado del video .m2v). Arrastra el .mpa que tengas en stéreo a  la ventana Data Editor, entonces el programa te pregunta "What kind of object do you want to create from...?", elige AC3, y entonces Scenarist te convierte el .mpa a AC3, lo verás en la misma carpeta donde tengas tu fuente de audio, con el mismo nombre pero con extensión .ac3.
No necesitas usar el AC-3 Encoder, Scenarist te convierte desde el momento en que lo agregas a Data Editor.

Si quieres usar varios clips (5 o 6) de audio para mezclarlos en uno solo como AC3 (empleando el AC-3 Encoder de Scenarist), entonces debes acatar los requisitos siguientes :
1.todos los clips deben tenr el mismo formato -Scenarist solo soporta aiff, aif, pcm, wav, wave y mpa- (por ejemplo, todos deben ser .wav).
2. Todos deben ser monoaurales.
3.- Todos deben tener el mismo Sample Rate (Scenarist soporta 32, 44.1 y 48 Hz. Haz click en botón Edit y en Sample Rate introduce el valor que tienen tus clips de audio).
4.- Procura que todos los clips tengan la misma duración, pues Scenarist solo te dejará exportar un AC3 con la duración que tuviera el clip de menor duración (Supón que tienes 3 clips de 3 minutos, 2 clips de 2.5 minutos, y 1 clip de 1 minuto, entonces Scenarist exporta un .ac3 de 1 minuto de duración (ignora los tiempos restantes de los otros clips).
Si vas a usar clips de audio stéreo, Scenarist solo te permite importar UN (SOLO UNO) solo clip, y debes habilitar casilla "2-Ch Interleaved Input".
Por último, si quieres unir varios clips de audio stéreo, y hacer otras ediciones mas profesionales de audio, te recomiendo Maven 3D Pro, líder en edición de formato AC3, o también Minentonka Surcode.